Se la terapia farmacologica, la dieta, lo stile di vita (astensione dal fumo) non sono in grado di controllare i segni ed i sintomi della malattia oppure si presentano delle complicanze (stenosi, fistole, ascessi) potrebbe essere indicato, in seguito ad un consulto multidisciplinare in presenza del gastroenterologo ed il chirurgo di riferimento, un intervento chirurgico. Più della metà dei pazienti con Malattia di Crohn necessita almeno di un intervento chirurgico durante il corso della malattia. Pertanto anche la chirurgia può indurre una remissione efficace ed a lungo termine della Malattia di Crohn pur non rappresentando una cura definitiva così come i trattamenti farmacologici. Durante l'intervento, il chirurgo rimuove la parte danneggiata di tratto intestinale ricostituendo successivamente la continuità intestinale. Nel caso in cui la malattia si presentasse in multipli tratti intestinali, ed in maniera discontinua, il chirurgo può utilizzare delle tecniche di allargamento del canale intestinale (stritturoplastiche) nelle sedi che presentano ostruzione in modo da non dover ricorrere ad una resezione intestinale vera e propria. La chirurgia può essere utilizzata anche nella malattia perianale per trattare le fistole e drenare ascessi. Gli interventi chirurgici, soprattutto nelle fasi precoci della malattia complicata, possono essere generalmente eseguiti con tecnica mininvasiva che consente, oltre all'evidente beneficio delle piccole cicatrici, una ripresa postoperatoria più efficace e di conseguenza un rapido ritorno alla quotidianità familiare e lavorativa.
Nonostante i benefici clinici a lungo termine della chirurgia la malattia spesso si ripresenta, vicino al tessuto circostante la zona rimossa. L'approccio migliore è quello di far seguire all’ intervento chirurgico l’assoluta sospensione del fumo, se presente, e l’introduzione di adeguata terapia farmacologica per ridurre al minimo il rischio di recidiva e controllare la malattia a lungo termine.
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